小新几人朝着红莲岛出发了，在森林里面遇到了君沙小姐和卡蒂狗，原来这里有着一个训练基地，专门训练警犬的基地，君沙小姐带着小新几人参观了训练基地，在基地里面出了饭，火箭队三人组又来捣乱了，在小新面前不过一击，又一次飞上了天空。
参观了基地的小新几人又一次出发了，小新几人旅途中遇到了一个叫阿彻的小男孩，这个阿彻是一个喜欢精灵，喜爱拍精灵照片的人，小新几人又在阿彻这里留一天，然后阿也想跟着小新一行人一起去旅行，小新几人带着阿彻开始了旅行，小新一行人来到了镇子，遇到了火箭队在打着抚养家的称号骗取精灵，最后在小新几人和君沙小姐的努力下，破获了这场抚养骗局，在这里分别了阿彻，小新几人朝着红莲岛出发了。
在买到了红莲岛的船票，小新几人上了船，遇到了小茂。随着一段时间过后，船靠岸了，小新几人下了船，胖丁不知道什么混到船里面，最后跟着小新一行人来到了红莲岛。
小新几人在红莲岛游玩了几天，顺便买好了需要的定西后小新几人开始红莲岛道馆的挑战，红莲道馆是在火上之上，是一座活火山，小智开始和道馆馆主夏伯的挑战，挑战是3v3。
夏伯放出了九尾，小智放出了杰尼龟，小新开始探测精灵数据。
精灵：九尾
性别：雄
资质：道馆
特性：引火
等级：40级
属性：火、妖精
技能：封印，喷射火焰，诡计，电光一闪，奇异光线，神秘攻击，幻想光线，冥想，大晴天等。
精灵：杰尼龟
性别：雄
资质：道馆
特性：激流
等级：15级
属性：水、地面
技能：撞击，水枪，泡沫，叫声，缩壳。
小智的杰尼龟等级过低被九尾击败了，小智换上了喷火龙，夏伯换上了铁甲爆龙。
精灵：铁甲爆龙
性别：雄
资质：道馆
特性：避雷针
等级：42级
属性：岩、地面
技能：冲撞，摇尾巴，践踏，疯狂攻击，鬼面，岩石爆破，整地，猛撞，臂捶，大晴天等。
精灵：喷火龙
性别：雄
特性：猛火
资质：天王
等级：45级
属性：火、一般、龙
技能：利爪，嚎叫，火花，瞪眼，烟雾，鬼脸，龙之怒，合金爪，炎牙，热风，喷射火焰，闪耀冲锋，暗影爪，龙舞，龙之波动，翅膀攻击，劈开，炼狱，地球上投等
小智的喷火龙不停小智的话，小智放出了皮卡丘去战斗。
精灵：皮卡丘
性别：雄
特性：静电
资质：三级神
等级：48级
属性：电、一般、格斗、钢、飞、地面等...
技能：叫声，摇尾巴，电磁波、电光一闪、电击，十万伏特，影子分身，摔打。
小智让皮卡丘使用十万伏特攻击铁甲爆龙，不过没什么用处，皮克丘发现了铁甲爆龙的角，然后随着铁甲爆龙的角攻击，铁甲爆龙失去战斗能力。夏伯放出了鸭嘴火龙。
精灵：鸭嘴火龙
性别：雄
特性：火焰之躯
资质：道馆
等级：58级
属性：火
技能：火花，瞪眼，火焰拳，迷雾，烟雾，大晴天，喷射火焰，大字爆，奇异光线等
皮卡丘被大字爆攻击大输了，小智挑战失败了。小新然后挑战夏伯。
精灵：喷火龙
性别：雄
特性：猛火
资质：天王
等级：81级
属性：火、一般、龙
技能：利爪，嚎叫，火花，瞪眼，烟雾，鬼脸，龙之怒，合金爪，炎牙，热风，喷射火焰，闪耀冲锋，暗影爪，龙舞，龙之波动，翅膀攻击，劈开，炼狱，地球上投等。
精灵：比雕
性别：雌
资质：天王
特性：锐利目光
等级：83级
属性：一般，飞
技能：撞击，烈暴风，飞沙脚，吹飞，电光一闪，龙卷风，羽毛舞，高速移动，破坏死光，求雨，大晴天，影子分身，回转攻，神秘力量，睡觉，羽栖，钢翼，勇鸟，梦话，翅膀攻击，暴风，空气切割等
在小新高等级面前夏伯被轻松的击败了，小智放出了自己的精灵来观看了小新与夏伯对战，小智的斗志又开始上扬了。
比赛过后夏伯对于小新很高的评价。
“你是我见过最杰出的训练家，我已经老了。”
“谢谢夏伯的肯定，我还会继续提升自己的实力的。”
就这样过几天，小智纷纷训练了自己的精灵。小智的皮卡丘52级了，喷火龙51级了。小新的毒刺水母78级了，鬼斯77级了，哈克龙进化成为了快龙65级了，迷你龙进化成为了哈克龙44级了。
小智准备在一次挑战夏伯，1v1对战，小智放出了喷火龙对战夏伯的鸭嘴火兽。这次小智全力以赴，终于得到了深红徽章。
小新一行人打完道馆准备去拿下下个徽章正赶着去搭船去，可是船已经出发了，路上遇到了一只卡咪龟，好像很着急的说着什么，然后小智的杰尼跳了出来，聊了一下杰尼龟也很着急，卡咪龟和杰尼龟跳入了海中朝着游去，小新一行人坐着小船放出了水系精灵跟着杰尼龟出发了。
小智一行人来到了一个小岛，发现了水箭龟一群缩在壳里面不知道怎么养了，小新一行人连忙跑去检查，突然火箭队三人组又出现了抢夺了水箭龟，小新等人马上去追，在一番对战后，小新等人击飞了火箭队，救到了水箭龟，胖丁又跳了出来，唱了一首催眠曲。然后小新几人又睡着了。胖丁很生气，在水箭龟一族还有小新几人脸上各种涂鸦。
过了一段时间，小智几人和水箭龟一族悠悠的转醒了，看着脸上的涂鸦各种笑声。小新看着水箭龟一族，心里又想收服水箭龟一族。
小新放出了鬼斯跟水箭龟一族交流一会，然后跟水箭龟对战了一场，然后收服了这群水箭龟。
小新一行人准备直线挑战最后一个道馆常磐道馆，小新一行人来到了华蓝市，小霞比较怀念自己的家。小新一行人一进门，小霞姐姐三人组就过来了，在一番交流下，三姐妹想要小霞帮忙搞一次水中巴黎表演赛，观众如坐了，一切从排演的事件进行着，原本要上车扮演坏人的大姐二姐被被火箭队打晕了，武藏和小次郎扮演坏人冲入了水中开始抢夺水系精灵，喵喵炸开了房顶，遥控着热气球进入了道馆，金典台词在线，观众觉得很有意思，在小新三人与三姐进入场地开始了反击坏人的开始，最后火箭队三人组被击飞了。这场表演落下了帷幕，观众热情的呼喊着。
小霞的小海狮进化成为了白海狮。
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